Distribuciones de Linux orientadas a la comunidad científica y médica

Veamos algunos ejemplos de distribuciones de GNU/Linux orientadas específicamente a la comunidad científica o médica.

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Dentro de la comunidad científica hay muchas tareas que requieren de un sistema operativo que poder ajustar a las necesidades propias de la tarea que se quiera desarrollar. GNU/Linux permite esa personalización mejor que ningún otro sistema operativo.

Ya sea porque requiere de ciertas necesidades o porque se quiere incorporar ciertas herramientas y distribuir ese sistema con esas herramientas en muchos equipos. GNU/Linux por su potencia, eficacia, desarrollo y seguridad es una buena alternativa.

A continuación veremos algunos ejemplos de distribuciones de GNU/Linux orientadas bien para la comunidad científica en general como otras orientadas a ciertas ramas específicas de la ciencia.

Este artículo es una traducción de un artículo en inglés publicado por Jack Wallen en la web Linux.com que puedes ver en el siguiente enlace:

Imagen de Ondiz Zárraga.

Scientific Linux

No puedes empezar un listado de distribuciones específicamente científicas sin mencionar en primer lugar a Scientific Linux. Esta distribución fue desarrollada por Fermilab.

Está basada en Red Hat Enterprise Linux, Scientific Linux tiene como objetivo ofrecer una distribución de Linux común para varios laboratorios y universidades de todo el mundo, con el fin de reducir esfuerzos duplicados. La meta de Scientific Linux es tener una distribución que sea compatible con Red Hat Enterprise Linux que:

  • Ofrezca un sistema operativo estable, escalable y extensible para la computación científica.
  • Apoye la investigación científica ofreciendo los métodos necesarios y procedimientos para habilitar la integración de las aplicaciones científicas con el entorno del sistema.
  • Utilice el intercambio libre de ideas, diseños e implementaciones a fin de preparar una plataforma computacional para la siguiente generación de computación científica.
  • Incluya todas las herramientas necesarias para permitir a las personas que lo utilicen crear sus propias versiones de Scientific Linux.

Debido a que Scientific Linux está basada en Red Hat Enterprise Linux, puedes escoger una Política de Seguridad para la plataforma durante el proceso de instalación.

Dos famosos experimentos que funcionan con Scientific Linux son:

  • El detector de Colisiones de Fermilab: una colaboración experimental que estudia las colisiones de partículas de alta energía en el Tevatron (un acelerador de partículas circular).
  • DØ experiment: una colaboración de científicos de todo el mundo que realiza investigaciones sobre la naturaleza fundamental de la materia.

Lo que puedes encontrar interesante en Scientific Linux es que actualmente no incluye todas la herramientas científicas que pudieras esperar.

No está Matlab o equivalente instalado u otras herramientas similares. Las buenas noticias es que está lleno de repositorios disponibles que permiten que instales todo aquello que necesitas para crear una distribución que se ajuste perfectamente a tus necesidades.

Scientific Linux está disponible para utilizar y puede descargarse libremente desde la página oficial:

Bio-Linux

Ahora nos adentramos en un territorio que al menos debería hacer felices a una parte de científicos. Bio-Linux es una distribución orientada específicamente a bioinformaticos (la ciencia de recopilar y analizar complejos datos biológicos como por ejemplo códigos genéticos).

Este acercamiento a GNU/Linux fue desarrollado por “Environmental Omics Synthesis Centre” y el “Natural Environment for Ecology & Hydrology” e incluye cientos de herramientas bioinformaticas, entre las que se incluyen:

  • Artemis: Un visor de secuencias de ADN y una herramienta de anotación
  • bamtools: Un conjunto de herramientas para manipular archivos BAM
  • Galaxy: Una plataforma de investigación biomédica basada en navegador.
  • Fasta: Una herramienta para búsqueda de ADN y bases de datos de proteinas.
  • Mesquite: Utilizado para la biología evolutiva
  • njplot: Una herramienta para dibujar árboles filogenéticos.
  • Rasmo: Una herramienta para visualizar macromoléculas.

Hay un gran número de herramientas para la línea de comandos o con interfaz gráfica en esta plataforma. Para consultar una lista completa, echa un vistazo al software incluido en este enlace:

Bio-Linux está basada en Ubuntu y está disponible para descargar libremente.

Poseidon Linux

Esta particular distribución de GNU/Linux basada en Ubuntu originalmente comenzó como un escritorio, basado en software de código abierto, dirigida a la comunidad científica internacional.

En el año 2010, la plataforma cambió la dirección para centrarse unicamente en la batimetría (la medida de la profundidad del agua en océanos, mares o  lagos) cartografiar el suelo marino, sistemas de información geográfico (GIS) y la visualización 3D.

Poseidon Linux está en esencia Ubuntu 16.04 (completo con Unity de Ubuntu por el momento) con el añadido de GMT (una colección de por lo menos 80 herramientas para la línea de comandos para manipular juegos de datos geográficos y cartesianos), PROJ (una función de filtrado estándar de Unix que convierte coordenadas de longitudes y latitudes geográficas en coordenadas cartesianas) y MB System (un software de cartografía del suelo marino).

Sí, Poseidon Linux es una distribución muy específica, pero si necesitas medir la profundidad del agua en océanos, mares o lagos te alegrarás de que esté disponible.

Puedes descargar Poseidon Linux de manera libre desde su sitio oficial de descarga:

NHSbuntu

Un grupo de especialistas en Tecnologías de la Información británicos tomaron la tarea de modelar Ubuntu Linux para que pudiera ser utilizada como distribución de escritorio por el Servicio Nacional de Salud del Reino Unido (UK National Health Service o NHS por sus siglas).

NHSbuntu fue publicada primero como versión alfa el 2 de abril de 2017. La meta fue crear un sistema operativo para PC’s que pudiera ofrecer seguridad, rapidez, rentabilidad y crear una distribución de escritorio que pudiera satisfacer las necesidades del NHS, y también las necesidades del software.

NHSbuntu fue configurado para cifrar todo el disco para salvaguardar datos sensibles.

NHSbuntu incluye LibreOffice, NHSMail2 (una versión del conjunto de herramientas Evolution, capaz de conectarse a NHSmail2 y correo confiable) y Chat (una aplicación de mensajería capaz de trabajar junto con NHSmail2). Esta distribución derivada de Ubuntu puede:

  • Funcionar como un sistema operativo clínico
  • Servir como sistema operativo de una oficina
  • Ser utilizado en modo quiosco (un modo de funcionamiento con restricciones que impiden que se realicen acciones no deseadas en el sistema)

Las personalizaciones específicas que han llevado a cabo en NHSbuntu son:

  • Fondo de escritorio de NHSbuntu
  • Un aspecto similar a un escritorio ampliamente conocido por muchos usuarios
  • Compatibilidad con NHSmail2
  • Correo, calendario y libreta de contactos
  • Mensajería con posibilidad de compartir archivos
  • Compatibilidad con N3 VPN
  • Eliminación de los juegos
  • Inclusión de Remmina (un cliente de escritorio remoto para VDI)

NHSbuntu puede ser descargado de manera libre tanto para equipos de 32 como de 64 bits.


Incluso aunque no encuentres una distribución de GNU/Linux orientada a tu rama específica de la ciencia o medicina, quizás encuentrs el software que necesitas y que se adapta a tus necesidades.

Hay incluso organizaciones (como Open Science Project y Neurodebian) dedicadas a escribir y publicar software libre y de código abierto para la comunidad científica.

y GNU

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6 pensamientos en “Distribuciones de Linux orientadas a la comunidad científica y médica

  1. Hola:
    También podrías haber hablado del repositorio de ciencia de opensuse y creo que gentoo también debe tener software científico.
    Saludos.

    • Hola!
      Hombre Scientific Linux está basada en Red Hat, no era difícil crear una en Fedora, supongo! 🙂

      Hace tiempo openSUSE tenía el proyecto “medical” que no he vuelto ha saber nada más de ello. Un “spin” supongo, pero en su día, hace tiempo, quise investigar algo más y nadie me dió más referencias.

      Saludos!

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